Bamako, du bambara « bàmakɔ̌ » (qui signifie « marigot du crocodile »), a été fondée à la fin du XVIe siècle par les Niaré, anciennement appelés Niakaté, qui sont des Sarakolés à l'origine. Le crocodile étant le fétiche de Bamako, chaque année lui était donné une jeune fille vierge à manger.

Simballa Niakaté, un chasseur venu de Lambidou (cercle de Nioro, région de Kayes), un village sarakolé, a choisi le site. Mais, c'est son fils ainé Diamoussa Niakaté couramment appelé Diamoussan Djan (à cause de sa taille très grande) qui fonda Bamako. Niaréla, le quartier des Niaré, est un des plus anciens quartiers de Bamako. Les trois crocodiles qui symbolisent Bamako trouvent leur origine à partir des trois marigots qui traversaient Bamako : Lido, Diafarana et Bèlèsôkô. Les marigots se rejoignaient environ à 500 mètres à l'est de l'Hôtel de l'Amitié de Bamako (fruit de la coopération égypto-malienne aux lendemains des indépendances) pour ensuite se jeter dans le Niger.

À la fin du XIXe siècle, Bamako est un gros village fortifié de 600 habitants, lorsque le 1er février 1883, les Français, avec Borgnis-Desbordes, y pénètrent.
Cette entrée coïncida avec la naissance d'Amadou Coumba Niakaté (1883-1963) qui sera l'un des tout premiers instituteurs de Bamako après avoir été le premier fils de chef traditionnel à fréquenter « l'école des blancs ». Après le décès de son grand frère Maridiè Niaré en 1956, Amadou Coumba Niakaté deviendra chef de la province de Bamako. Mais il ne régna que durant deux ans avant l'abolition de la chefferie traditionnelle en 1958.

En 1895, elle devient chef-lieu de cercle avant de devenir capitale du Haut Sénégal-Niger le 17 octobre 1899 puis du Soudan français en 1920.
En 1904, la ligne du chemin de fer Dakar-Niger est inaugurée. En 1905 débute la construction de l’Hôpital du point G. Entre 1903 et 1907 est construit le palais de Koulouba, palais du gouverneur puis siège de la présidence de la République à partir de l’indépendance en 1960.
Le 20 décembre 1918, un arrêté général érige Bamako en commune mixte, dirigée par un administrateur-maire.

Henri Terrasson de Fougères, gouverneur intérimaire (en 1920 et 1921), puis Gouverneur du Soudan français (actuel Mali) du 26 février 1924 à 1931, réside au palais de Koulouba. Il est à l'origine d'un grand nombre d'aménagement urbains.

En 1927 est construite la cathédrale du Sacré-Cœur-de-Jésus. La Maison des artisans est créée en 1931. En 1947 un premier pont sur le Niger est érigé. La grande mosquée est construite en 1948.
Le 18 novembre 1955, la loi transforme Bamako en commune de plein exercice. Modibo Keïta est élu maire un an plus tard, le 16 novembre 1956. Le 22 septembre 1960, l’indépendance du Mali est proclamée et Bamako en devient la capitale.